MAPI (Messaging API)
O protocolo MAPI também conhecido como Messaging API é um protocolo proprietário desenvolvido pela Microsoft. Ele é usado como interface de comunicação entre as aplicações e o servidor Microsoft Exchange. Além de sincronizar e-mail, ele também sincroniza agenda, contatos, calendário e outros recursos de aplicativos ou clientes de e-mail.
SMTP
O SMTP ( Simple Mail Transfer Protocol ) é um protocolo simples para transferência de e-mails (apenas envio). Ele funciona em texto plano, podendo transferir mensagens para vários destinatários simultaneamente. Usa a porta TCP/587.
O SMTP começou a ser utilizado em 1980, com o Sendmail sendo um dos principais programas utilizados para envio de mensagens. Inicialmente, suportava apenas texto simples (ASCII), mas com o tempo, foram implementadas outras extensões como o MIME. Outra extensão bastante importante é o SMTP-AUTH que permite a autenticação dos emissores das mensagens, ajudando a combater o spam.
POP
Protocolo de recebimento de mensagens, a qual são baixadas no seu Computador, gerando um Arquivo com Extensão (.Pst), podendo deixar ou não cópia no servidor, essa opção é personalizável. Lembrando que não há sincronizações com o Servidor de e-mail, pois as mensagens são baixadas no computador.
IMAP
Um pouco diferente do POP, o protocolo IMAP trabalha conectado direto no servidor, efetua o Download das mensagens em tempo real de sincronização. Sincronizando apenas as mensagens, e também os itens enviados. (Essa funcionalidade depende de cada Servidor de E-mail)
Exchange Active Sync
Protocolo difere de cada Servidor, tratando-se da Conta da Microsoft, a sua sincronização é muito parecida com o IMAP, porém em tempo real também sincroniza: Calendário, Contatos e Agenda.